Los disturbios del Bogotazo también resultaron en daños al sistema de transporte público existente de Bogotá, el Tranvía, un sistema de carros eléctricos que proporcionaba transporte público a la mayor parte de la ciudad en la primera mitad del siglo XX. Así como Bogotá vivía un período de crecimiento intensivo de la población y la actividad industrial, se reacondicionó el sistema de transporte. El gobierno de la ciudad en ese momento tomó la decisión de reemplazar todos los carros eléctricos por autobuses y, finalmente, privatizar la prestación del servicio, que resultó difícil y costoso de mantener para el estado. Luego se creó un sistema de transporte en el que empresas privadas administran las rutas de los autobuses, pero no los compran ni los mantienen. Tampoco asumen la responsabilidad del mantenimiento de las carreteras ni tienen que responder por la contaminación atmosférica que genera la circulación excesiva de autobuses. Estos autobuses a menudo son viejos y están en malas condiciones porque el sistema privatizado no ofrece incentivos o recursos a sus conductores para su mantenimiento, estos son contratados precariamente y resultan ser responsables de los buses. Estos incentivos precarios en la provisión de transporte público han contribuido a convertir a Bogotá en la "Ciudad más congestionada del mundo", según el INRIX Global Traffic Scorecard en 2019. Esta congestión a su vez empeora la contaminación del aire en Bogotá ya que los vehículos funcionando pero sin movimiento (iddlying) son uno de los factores más contaminantes del proceso de transporte, y los vehículos diésel son la mayor fuente de contaminación del aire que afecta a la ciudad.

Los residentes de los barrios de la periferia de Bogotá se ven afectados negativamente por este sistema de transporte en múltiples niveles. A pesar de la superpoblación de autobuses que circulan por la ciudad, las áreas periféricas, que tienden a ser asentamientos informales, sufren de un servicio poco frecuente. Sin embargo, la falta de autobuses circulando entre estos barrios no se traduce en una menor exposición de los residentes a la contaminación. Los residentes se ven obligados a esperar más tiempo por los autobuses, parados junto a carreteras congestionadas con otros tipos de vehículos y, por lo tanto, expuestos a altos niveles de contaminación del aire. Además, sus trayectos como pasajeros son más largos y una vez dentro de los vehículos de transporte público los niveles de PM son peligrosamente elevados. El gobierno de la ciudad ha comenzado a administrar directamente una proporción del sistema de autobuses, pasando de los autobuses privados al nuevo sistema TransMilenio, pero esto no ha eliminado la existencia de autobuses altamente contaminantes conocidos localmente como autobuses chimeneas. Estos autobuses aún circulan como parte de flotas públicas y privadas. Los ciudadanos y académicos se han movilizado para presionar al gobierno a que invierta en tecnología más limpia.